Выбор вида управления ПТС зависит от ее сложности (количества участков и трактов), общей протяженности и степени автоматизации отдельных механизмов.
Для простейших неразветвленных ПТС малой протяженности достаточно применение местного сблокированного управления, при котором подготовка к пуску и пуск каждого-механизма участка производятся у места его установки, но последовательность пуска всех механизмов и их дальнейшая работа задаются электрическими блокировочными связями в соответствии со схемой технологического процесса.
Такая система управления предупреждает завал материалом механизма в случае, если по той или иной причине остановится механизм, расположенный следующим по ходу потока. Эта система требует небольшого количества дополнительной и к тому же простейшей аппаратуры и проводов для цепей вторичной коммутации (управления, блокировки и сигнализации).
Для простых слабо разветвленных ПТС может оказаться целесообразным централизованное управление со специальных постов, устанавливаемых в зоне работы ПТС.
При этом оператор может управлять отдельными механизмами, как порознь, т. е. манипулируя отдельными аппаратами управления, так и путем общей команды, по которой пуск, работа и остановка механизмов происходят автоматически, в заданной последовательности.
Переход с одного способа управления на другой может производиться общим переключением на посту управления.
Для сложных ПТС основным видом управления должно считаться диспетчерское автоматизированное (ДАУ).
Следует отметить, что при любом виде управления должна быть предусмотрена возможность местного независимого управления каждым механизмом для опробования и наладки его или в случае нарушения работы всей принятой системы управления в целом.